Command & Conquer: Red Alert có thể được cài đặt trên trực tiếp trên Windows XP và Windows Vista. Tuy nhiên, khi cài đặt lần đầu tiên thì chương trình cài đặt thông báo rằng "Red Alert chỉ có thể được cài đặt trên Windows 95" nếu cài đặt trên một trong các hệ điều hành. Có thể cài đặt trò chơi với sự giúp đỡ của Red Alert Manager, một chương trình quản lý cài đặt, cập nhật chương trình và khả năng tương thích với Vista.

The Red Alert Terrain Editor cũng có những vấn đề tương thích trên hệ điều hành mới hơn. Để chạy thành công chương trình này dưới Windows Vista hoặc Windows XP thì tập tin thực thi của chương trình cần phải được cấu hình để chạy trong Windows 95 hoặc Windows 98. Điều này sẽ cho phép các chương trình hoạt động trơn tru dưới sự điều hành Windows Vista.

Tuy nhiên, cũng vẫn có thể tự cài đặt trò chơi và các gói mở rộng của nó, bằng cách chạy tập tin thực hành Red Alert trong chế độ tương thích của Windows 95, và bằng cách thay thế tập tin "Thipx32.dll" mà trò chơi cài đặt trong thư mục chính của mình với một chương trình cập nhật phiên bản . Mặt khác, EA Games đã phát hành Command & Conquer: The First Decade trên hai đĩa DVD hai lớp gồm tất cả các trò chơi C&C, bao gồm cả Command & Conquer: Generals và bản mở rộng của nó. Quá trình biên dịch của tất cả các trò chơi C&C là cách dễ nhất để cài đặt ngay cả những bản gốc Command & Conquer khi Windows 95 vẫn còn được phổ biến. Tuy nhiên nó có thể cài đặt các phiên bản hệ điều hành DOS của trò chơi bằng cách đặt các thiết lập trong Windows 95 và sau đó chạy nó trong MS-DOS.

Tất cả các phiên bản của Red Alert, cũng như demo, được đánh giá cao trong chương trình Wine[17] và được đánh dấu là "hỗ trợ" trong DOSBox[18].